Zeus s'en aperçut. Furieux et indigné, il quitta la table en la renversant et foudroya Lycaon ainsi que sa famille. Remonté dans les cieux, Zeus convoqua les siens, résuma la situation et jura sur le Styx de détruire le genre humain afin de préserver les nymphes, satyres et autres divinités secondaires. Après avoir d'abord pensé à foudroyer la Terre, il se ravisa, se souvenant que le destin du monde était de périr embrasé ; aussi préféra-t-il la noyer

Les flots envahirent la terre et emportèrent hommes, animaux et constructions. Certains tentèrent de se réfugier sur des hauteurs ou dans des barques. Même Les oiseaux ne trouvant plus de perchoir se noyèrent. Les nymphes de la mer pouvaient évoluer dans les maisons, parcs et jardins des villes. Les dauphins se heurtaient aux arbres des forêts.

La faim tiraillait les derniers survivants. Pourtant deux personnes survécurent, Deucalion et Pyrrha. En effet, Prométhée leur avait conseillé de construire une arche ou ils embarquèrent seuls. Après neuf jours et neuf nuits de dérive, ils accostèrent sur l'une des deux cimes du Mont Parnasse en Thessalie. À peine débarqués, il rendirent hommage aux nymphes de la montagne et à Thémis Zeus satisfait fit cesser le déluge. Notos retourna auprès de ses frères tandis que Poséidon déposa son trident et ordonna à Triton de souffler dans sa conque le signal de la retraite. Toutes les eaux se retirèrent et le monde réapparut. Deucalion et Pyrrha, qui se rendirent rapidement compte de leur solitude, décidèrent de se rendre sur les bords du Céphise afin d'y interroger les oracles. Là, ils se purifièrent et implorèrent Thémis dans son temple en lui demandant comment remédier aux dégâts subis par les mortels. La réponse fut surprenante : ils devaient s'éloigner du temple, la tête voilée et lancer en marchant les os de leur grand-mère. De quelle grand-mère pouvait-il bien s'agir ? Après mûre réflexion, il s'avéra que cette grand-mère n'était autre que la Terre, dont les os étaient les pierres. En suivant les conseils de Thémis, il s'exécutèrent. Peu à peu, les pierres prirent forme humaine. Les pierres lancées par Deucalion engendrèrent des hommes, et celles lancées par Pyrrha, des femmes. Quant aux autres espèces, la Terre les engendra d'elle-même au fil du temps.